O Departamento Nacional presta contas de sua gestão ao Tribunal de Contas da União - TCU, cujas determinações com caráter definitivo constam no quadro Relatórios e Informes de Fiscalização TCU. 

Submete, também, seus processos monitorados pela unidade de controle interno/auditoria interna, conforme relatórios/pareceres disponíveis neste módulo. 

Completam esse sistema de controle, integridade e transparência, o Comitê de Ética, responsável pela aplicação do Código de Conduta Ética, a Ouvidoria e o Serviço de Atendimento ao Cidadão - SAC.